Videregåendeelev utvikler testsystem for å oppdage potetdrepende sopp

 Marina Lazareva, en elev i 10. klasse ved det spesialiserte pedagogiske vitenskapelige senteret ved Novosibirsk State University (SESC NSU), har sammen med sine vitenskapelige veiledere utviklet et testsystem som muliggjør rask deteksjon av sopp fra slekten. Verticillium uten behov for dyrt utstyr. Disse patogenene påvirker over 200 plantearter, inkludert poteter, og forårsaker betydelig årlig skade på landbruket. Tradisjonelle diagnostiske metoder tar 7 til 14 dager, noe som gjør storskala screening vanskelig. Selv om PCR-analyse er raskere, krever den kompleks og kostbar maskin. Den unge forskeren fra Novosibirsk foreslo et alternativ – LAMP-teknologi (loop-mediated isothermal amplification), en svært følsom DNA-kopieringsmetode som fungerer ved konstant temperatur. Den krever ikke en termisk sykler og kan oppdage patogenet innen 30–60 minutter i et standardlaboratorium eller til og med under feltforhold.

Først utførte studenten en bioinformatisk analyse av DNA-sekvenser fra ti forskjellige Verticillium art og identifiserte et felles segment. Hun brukte deretter spesialisert programvare til å designe primere – korte molekyler som bare gjenkjenner og binder seg til målpatogenets DNA. Hovedutfordringen var uspesifikke reaksjoner, der testen utløste selv i rene prøver uten soppen. Ved å optimalisere forholdene – justere temperaturen, øke primer- og magnesiumionkonsentrasjonene og bruke en «hot start»-teknikk – ble høy spesifisitet oppnådd. Testsystemet reagerer nå bare på målsoppens DNA og har bestått eksperimentell validering.